Kamui vit à l'époque Edo et fait partie de la classe des "non-humains". Décidé à se révolter contre ce système, il devient un ninja. Deux autres garçons croiseront son chemin : Shosûke, un domestique qui veut être agriculteur, et Ryûnoshin, un guerrier qui deviendra rônin. Chacun à leur façon, ils vont tracer leur chemin sans se soumettre au système féodal.