De mystérieuses sphères répandent des parasites qui prennent possession du cerveau de certains Terriens. Shin' ichi est ainsi l'hôte de Migy, qui n'a pas pris possession de son cerveau mais de son bras droit. Le lycéen et son parasite en viennent à cohabiter, partageant le même corps et la même vie, mais Shin' ichi s'aperçoit que ses capacités ont décuplé et que les humains sont menacés...

Avec l'aide de Migy, Shinichi réussit à se débarrasser du terrifiant “Monsieur X”. Alors que Ryoko Tamiya est renvoyée du lycée, Shinichi a l'impression de se mélanger de plus en plus avec son parasite. Étant le seul à connaître la vérité, il compte bien continuer à protéger ses proches. Mais cette fois, la menace pourrait bien toucher sa propre famille…