Depuis 2001, un Programme Collectif de Recherche (Approche pluridisciplinaire d'une agglomération antique, Epomanduodurum : Archéologie, territoire, environnement) réunissant notamment le laboratoire de Chrono-Environnement et l'Université de Besançon, les universités de Strasbourg et de Lausanne, et l'Ecole d'Architecture de Strasbourg, étudie la cité antique d'Epomanduodurum, deuxième ville séquane par son importance, après la capitale de la cité, Vesontio (Besançon).