Anakin Skywalker est désormais l'un des meilleurs aspirants Jedi et doit répondre à l'impossible défi de choisir entre son sens du devoir et de l'honneur et son amour interdit pour Padme. Au même moment, Obi-Wan enquête sur la tentative d'assassinat dont a été victime le Sénateur et découvre une armée secrète de clones...