Tom, 10 ans, vit heureux avec ses parents adoptifs: Ferdinand, un colosse au coeur d'or et Juliette, une africaine qui se pique de magie. Un beau soir, des grenouilles attirent le petit garçon près de l'étang et lui annonccent qu'un déluge menace tous les êtres vivants de la planète. Et bientôt, des rafales de pluie d'une violence inouïe s'abattent pendant quarante jours et quarante nuits sur la Terre. Seule une petite troupe hétéroclite, menée tambour battant par Ferdinand, parvient à défier les éléments qui se déchaînent dans la démesure. Dans son embarcation de fortune, humains et animaux sont entraînés dans le tourbillon d'une aventure rocambolesque...