Des navires font naufrage sous les coups d'une créature mystérieuse. La marine américaine expédie une frégate avec, à son bord, le célèbre professeur Aronnax. Mission : retrouver le monstre et en débarrasser les océans. Mais, alors que la fameuse rencontre a lieu, le professeur est loin de se douter que l'aventure ne fait que commencer et qu'un fabuleux voyage sous-marin l'attend.