Des cristaux d'énergie d'une puissance phénoménale ont été découverts sur un lointain astéroïde abritant les ruines d'une civilisation extraterrestre. Mais celles-ci sont défendues par de puissants automates, et seul un robot d'un genre nouveau pourra les neutraliser. Pour le construire, une seule solution : faire collaborer les docteurs Light et Wily ! Et l'aide de Megaman ne sera pas de trop pour récupérer les fameux cristaux...D'autre part, une course de robots est organisée pour célébrer l'ouverture du World Bridge, un immense pont reliant le Japon à la côte ouest des États-Unis. Déterminée à prouver ses talents de pilote, Roll décide d'y participer sans prévenir personne, mais le docteur Wily en profite pour piéger son véhicule. S'il veut sauver son amie, Megaman va devoir finir premier de la course !

Dans un monde où les machines font désormais par tie du quotidien, le docteur Light par vient à concevoir un robot d'un genre nouveau : Rock, un androïde dotéde véritables sentiments humains ! À l'instar de Roll, le robot domestique que le bienveillant docteur a créé après lui et qu'il considère comme sa “petite soeur”,Rock a pour fonction d'assister son maître dans son travail, lequel consiste à gérer les robots industriels à qui il a confié la mission d'aider les humains.Un jour, cependant, ceux-ci se retournent contre leur créateur et se mettent à attaquer la population ! Bien décidé à les empêcher de semer le chaos, Rockdemande alors au docteur Light de le transformer en robot de combat : Megaman est né ! Par viendra-t-il à vaincre ses adversaires et à restaurer la paix ? C'est ledébut d'une longue bataille...