Graham Hess a renoncé à son apostolat après la mort de sa femme dans un accident de voiture pour devenir fermier. Il s'occupe de ses terres et de ses deux jeunes enfants, avec l'aide de son frère. Mais leur vie est soudainement bouleversée quand il découvre dans l'un de ses champs un dessin géométrique complexe, fait de lignes et de cercles, dont personne ne comprend la signification. En faisant des recherches avec son frère Merril, il découvre que d'autres personnes ont également été témoins de faits similaires. Est-ce une pure coïncidence ou faut-il, comme certains le prétendent, y voir une signification divine ? Graham, qui a perdu la foi, y voit surtout une source d'inquiétude...

David Dunn sort indemne d'un terrible accident ferroviaire dont il est l'unique survivant. Il est alors contacté par Elijah Price, collectionneur de comic books, qui lui pose cette question étrange : "A quand remonte votre dernier rhume ?" et lui annonce que pour lui, David est un superhéros qui s'ignore. Septique, David fait quelques recherches et s'aperçoit que s'il n'a jamais été malade ni blessé, il a quand même failli se noyer dans la piscine de l'école. Rassuré d'être un homme parfaitement normal, Dunn s'empresse de décevoir Elijah Price qui espérait avoir trouvé en lui un homme indestructible digne des super-héros de comics dont il est fanatique. Mais Elijah persiste en rappelant à Dunn que tout super-héros a une faiblesse et qu'il vient de trouver la sienne. Progressivement, Dunn accepte ses dons : une force et une résistance surhumaine ainsi qu'une forme de télépathie par contact d'épiderme. Poussé par son fils et par Elijah, il assume son statut de super-héros et le met en pratique.

Rafe McCauwley (Ben Affleck) et Danny Walker (Josh Hartnett), amis d'enfance, appartiennent à l'US Air Force. Rafe, amoureux d'Evelyn (Kate Beckinsale) lui annonce pourtant qu'il part rejoindre une escadrille américaine qui combat aux côté des Anglais. Quelques temps plus tard, muté à Pearl Harbor, Danny apprend que l'avion de Rafe a été abattu. Il l'annonce à Evelyn et la soutient le mieux possible. Au fil du temps, ils se rapprochent et finissent par se construire une nouvelle vie, sans Rafe mais ensemble. Jusqu'au jour où ce dernier réapparaît inopinément, au moment de l'attaque japonaise de Pearl Harbor.