En l’an 2000, le "Second Impact" provoque une catastrophe sans précédent : élévation du niveau des océans, perturbations climatiques, crashes économiques. Ce cataclysme, provoque la mort de la moitié de la population humaine. Quinze ans plus tard, le monde commence à peine de se relever de cette catastrophe. Mais une nouvelle crise se déclenche quand de gigantesques robots de combat d’origine inconnue pénètrent sur le territoire du japon. Leur cible est principalement la nouvelle capitale, Tôkyô-3, une véritable ville forteresse. Les autorités l’auraient-elles prévu ?