Frankie Paige (Patricia Arquette) mène une vie sans histoire entre son boulot, son compagnon et ses copines de sorties. Jusqu'au jour ou sa mère lui envoie du Brésil un rosaire volé sur la dépouille de l'ancien curé de Belo Quinto. L'existence de Frankie sombre alors dans l'horreur. Elle est victime de plusieurs agressions dont elle ne peut expliquer les circonstances et qui lui laisse la trace des stigmates, blessures identiques à celles de Jésus sur la croix. Son cas attire l'attention du prêtre Kiernan (Gabriel Byrne) qui fera tout pour aider la jeune femme à accomplir sa mission divine, malgré les obstacles que son supérieur, le cardinal (Jonathan Pryce) s'obstine à laisser sur sa route.