Lilie est partie est l'histoire d'un jeu : au milieu du bric-à-brac d'un vieux grenier, une petite fille, Lilie, joue avec sa poupée, Sophie-Sophie. Par ce jeu, parfois tendre, parfois cruel, où elle met en scène parents, amis, maîtresse, etc., se racontent les rêves, les peurs, les révoltes de la petite flle, tout ce qu'elle n'a pas pu dire, tout ce que les adultes n'ont pas su voir. Et peu à peu se révèlent les secrets…