Dix ans après les événements surréalistes survenus lors de sa visite au Jurassic Park, le paléontologue Alan Grant se voit offrir une forte somme d'argent (bienvenue pour financer ses propres recherches) pour simplement survoler l'île en compagnie de Paul Kirby et sa femme Amanda, un couple richissime. Mais Grant flaire une entourloupe lorsque le pilote amorce sa descente sur l'île...

Plusieurs générations après le règne de César, les singes ont définitivement pris le pouvoir. Les humains, quant à eux, ont régressé à l'état sauvage et vivent en retrait. Alors qu'un nouveau chef tyrannique construit peu à peu son empire, un jeune singe entreprend un périlleux voyage qui l'amènera à questionner tout ce qu'il sait du passé et à faire des choix qui définiront l'avenir des singes et des humains...