La Section 9 est une unité hautement professionnelle, qui enquête sur les affaires d'espionnage les plus sales. Au sein de cette unité, Kusanagi n'est pas un agent comme les autres. Son corps cybernétique lui donne une force exceptionnelle et des réflexes extrêmement rapides. Lorsqu'une mystérieuse cyber-pîrate pénètre les réseaux les mieux protégés et est alors recherchée pour terrorisme, Kusanagi suspecte le Ministère des Affaires étrangère d'avoir mis au point un programme top-secret, le Projet 2501. Mais alors qu'elle enquête, Kusagani fait l'expérience de sentiments étranges sur sa propre humanité. Ghost in the shell, oeuvre maîtresse de la japanimation est tiré du manga éponyme de Masamune Shirow.