Tout va pour le mieux : Scott a écrit un livre à succès tandis que Hope défend avec le plus grand dévouement des causes humanitaires. Leur famille - Janet van Dyne et Hank Pym (les parents de Hope) et Cassie, la fille de Scott - font enfin partie de leur quotidien. Cassie partage la passion de sa nouvelle famille pour la science et la technologie, notamment en ce qui concerne le domaine quantique. Mais sa curiosité les entraîne tous dans une odyssée imprévue et sans retour dans le vaste monde subatomique, un endroit mystérieux où ils rencontrent d'étranges nouvelles créatures, une société en crise et un impitoyable maître du temps dont l'ombre menaçante commence tout juste à s'étendre. Scott et Cassie sont soudainement happés dans une direction tandis que Hope, Janet et Hank se retrouvent propulsés dans une autre. Tous se perdent dans un monde en guerre, sans savoir comment ils pourront en sortir ni même s'ils retrouveront un jour le chemin de leur foyer...

Après avoir retrouvé Gwen Stacy, Spider-Man, le sympathique héros originaire de Brooklyn, est catapulté à travers le Multivers, où il rencontre une équipe de Spider-Héros chargée d'en protéger l'existence. Mais lorsque les héros s'opposent sur la façon de gérer une nouvelle menace, Miles se retrouve confronté à eux et doit redéfinir ce que signifie être un héros afin de sauver les personnes qu'il aime le plus.

Spider-Man : New Generation suit les aventures de Miles Morales, un adolescent afro-américain et portoricain qui vit à Brooklyn et s'efforce de s'intégrer dans son nouveau collège à Manhattan. Mais la vie de Miles se complique quand il se fait mordre par une araignée radioactive et se découvre des super-pouvoirs : il est désormais capable d'empoisonner ses adversaires, de se camoufler, de coller littéralement aux murs et aux plafonds , son ouïe est démultipliée... Dans le même temps, le plus redoutable cerveau criminel de la ville, le Caïd, a mis au point un accélérateur de particules nucléaires capable d'ouvrir un portail sur d'autres univers. Son invention va provoquer l'arrivée de plusieurs autres versions de Spider-Man dans le monde de Miles, dont un Peter Parker plus âgé, Spider-Gwen, Spider-Man Noir, Spider-Cochon et Peni Parker, venue d'un dessin animé japonais.