Maniwa, petite ville dans les montagnes de l'ouest du Japon. Chang-su, un ancien jockey olympique de l'équipe de Corée du Sud, criblé de dettes suite à la faillite de l'entreprise paternelle, travaille dans une carrière. Il vit avec Minami et sa fille en bas âge, qui a fui son mari et sa famille il y a sept ans. Pendant ce temps, Yamabuki, une lycéenne qui a perdu sa mère et vit avec son père policier, se met spontanément à manifester de manière silencieuse à un carrefour, en pensant à des causes par-delà l'océan. À leur insu, les vies de Chang-su, de Yamabuki et des autres habitants de la ville commencent doucement à s'entrecroiser.

Fin 1944. Le Japon est en train de perdre la guerre. Sur ordre du mystérieux Major Taniguchi, le jeune Hiroo Onoda est envoyé sur une île des Philippines juste avant le débarquement américain. La poignée de soldats qu'il entraîne dans la jungle découvre bientôt la doctrine inconnue qui va les lier à cet homme : la Guerre Secrète. Pour l'Empire, la guerre est sur le point de finir. Pour Onoda, elle s'achèvera 10 000 nuits plus tard.