Deux ans après le démantèlement d'une secte meurtrière, Fujimaru est de nouveau mêlé à un complot terroriste. Cette fois c'est son propre père qui est dans le collimateur du gouvernement.

Entre les mains de terroristes, Fujimaru est contraint de s'introduire sur le serveur du Third-i pour leur permettre d'effacer un fichier. Mais le petit hacker trouve le moyen de tendre un piège à ses ravisseurs.

Fujiramu doit trouver un antiviral pour sauver deux agents du bureau Third-i, contaminés par le virus Bloody-X.

Les terroristes projettent de faire exploser une bombe à neutrons. Fujimaru et les agents du Third-i n'ont que cinq jours pour déjouer ce plan.

La dissémination du virus dans le pénitencier était un piège tendu par Fujimaru, dans le but de coincer les terroristes. Acculée, Maya exécute le gourou.

Fujimaru et ses alliés ont réussi à éloigner les terroristes mais il manque une antidote pour sauver Marko, touchée par le virus meurtrier. Ils doivent retrouver leurs ennemis qui sont désormais les seuls à posséder l'antidote.

Victime d'une conspiration, Ryûnosuke Takagi est en cavale pour échapper à la police. Quant à son fils Fujimaru, c'est grâce à Otoya qu'il se rend peu à peu compte que sa professeure Maya est impliquée dans l'opération orchestrée par le mystérieux K.

Le piège concocté par les terroristes se resserre. Coincés dans le bâtiment de leur école, Fujimaru et ses amis vont devoir résister à l'ennemi et contrer une menace bactériologique toute proche. Pendant ce temps, les malfaiteurs avancent vers la prison où est retenu leur gourou.

Fujimaru est à la recherche de l'antiviral pouvant permettre de sauver les deux agents contaminés. Il ignore toutefois que Maya est infiltrée dans les locaux du THIRD-i, bien déterminée à s'emparer avant lui du remède. Dans le même temps, Otoya et Aoi ont rejoint le père de Fujimaru.

Grâce aux conseils d'Otoya, Fujimaru parvient à démasquer Maya et à la capturer. Elle est soumise à un interrogatoire aux bureaux du Third-I. Fujimaru s'attèle au déchiffrement de deux fichiers remis par son père, et découvre une similitude entre cette affaire et une autre, survenue deux ans plus tôt...

Fujimari Takagi est élève de première dans un lycée de Tokyo. Sous ses apparences de garçon discret, se cache en réalité Falcon, un hacker de génie, si talentueux qu'il est recruté par le bureau Third-i de l'Agence d'investigation de sécurité publique. Il se retrouve au coeur d'un complot terroriste mettant en scène un virus meurtrier. Le nom de code de l'opération est Bloody monday.

Un agent secret russe est retrouvé mort dans une chambre d'hôtel de Tokyo. Derrière cette affaire, se cachent une femme prénommée Maya et une attaque bactériologique au nom de Bloody monday. A la demande de l'agence de sécurité publique, Fujimaru Takagi s'attaque au décryptage d'un fichier informatique, tandis que son père, victime d'un piège, part en cavale.

Les agents du Third-i ont neutralisé la bombe atomique des francs-tireurs mais n'ont pas réussi à les capturer. Ryûnosuke, le père de Fujimaru, a été touché pendant l'opération.

Les terroristes s'emparent de la centrale nucléaire de Mirai, afin de provoquer une terrible explosion. Déjouant leurs plans, Fujimaru parvient à s'infiltrer dans la salle des serveurs et à reprendre le contrôle du réseau. Il se retrouve alors piégé par l'ennemi.

Le troisième tsar est une arme capable de tuer des millions de personnes. Ryûnosuke Takagi est infiltré parmi les terroristes, tandis que son fils, Fujimaru, est confronté aux attaques d'un hacker.