Il s'est sacrifié pour sauver le monde et protéger ceux qu'il aimait. An 2 de l'ère Kôwa. Aujourd'hui, le monde est unifié autour de la Fédération des Nations Unies et connaît des jours de paix comme jamais auparavant, du moins en apparence... La conseillère Nunnally vi Britannia est en visite diplomatique dans un camp de réfugiés avec Suzaku Kururugi, devenu conseiller en chef des Chevaliers Noirs sous les traits de l'homme masqué Zero. C'est alors que de mystérieux Knightmare Frames attaquent le camp et kidnappent les deux représentants. Le terrible royaume de Zilkhstan serait-il à l'origine de cette crise ? Pour investiguer, les autorités dépêchent une équipe dirigée par Kallen sur les lieux. Ils feront là-bas la rencontre d'un visage familier...