Moriarty est de retour ! Alors que plane cette sombre menace, Sherlock Holmes, de retour sur le sol britannique, va devoir dépasser les limites de son esprit pour résoudre le plus grand mystère de toute sa vie. Le moment est pourtant mal choisi car, de leur côté, le Docteur Watson et Mary se préparent à affronter un immense défi : devenir parents pour la première fois.

Lyra, totalement désemparée par la mort de son meilleur ami Roger, suit Asriel dans l'inconnu. Au sein d'une mystérieuse cité abandonnée, elle fait la rencontre de Will, un jeune garçon venant du même monde que le nôtre et qui, tout comme Lyra, est hanté par un passé trouble. Les deux jeunes gens vont rapidement découvrir que leurs destinées sont liées afin de réunir Will avec son père, mais le chemin sera semé d'embûches alors que la guerre menace de faire rage. De son côté, Mrs. Coulter est toujours aussi déterminée à ramener Lyra... Et tous les moyens seront bons pour cela !