Maroc, 1904. Le chef berbère El-Raisuli enlève Eden Perdicaris, une citoyenne américaine, et ses deux enfants. Par cet enlèvement, il veut provoquer un incident diplomatique et s'opposer au sultan Abdelaziz, qu'il juge corrompu.

Le Japon médiéval vit sous d'interminables guerres. Un navigateur britannique, Blackthorne, échoue dans un village de pêcheurs dont le chef, Toranoga, le fait accéder au rang de samouraï. En échange, Blackthorne apprend à Toranoga que le Japon est écrasé par le pouvoir des missionnaires jésuites portugais...