Nous sommes en 2065 et la Terre fait une guerre interminable contre une race extraterrestre qui cherche à conquérir la planète. L'armée, avec à sa tête le général Hein, veut faire intervenir une arme ultime qui détruira avec succès les envahisseurs. Mais la belle et intelligente Docteur Aki Ross et le conseiller Sid sont d'un autre avis. Cette arme risque de déteriorer la Terre à jamais. Aki et Sid sont convaincus qu'ils peuvent sauver la Terre de l'emprise des extraterrestres. C'est ainsi qu'est combattu l'éternel combat contre le temps, la violence et la science...