Jérémie, Odd, Ulrich et Yumi partagent un secret ! Ils sont les seuls à connaître l'existence de Lyoko, le monde virtuel créé par un génie de l'informatique. Mais eux seuls savent aussi que la terre est menacée, car le super ordinateur Wana, celui qui a permis la création de Lyoko, est infecté par un virus et cherche à détruire notre planète. Alors les quatre amis doivent laisser derrière eux leur vie de collégiens pour combattre Xana et trouver le moyen de l'arrêter avant qu'il ne soit trop tard. Avec l'aide de Aelita, seule habitante de Lyoko, ils se rendent dans le monde virtuel où ils affrontent toutes sortes de dangers.