Sumimura Yoshimori et sa voisine Yukimura sont collégiens mais la nuit ils sont kekkaishi, chasseurs d'êtres surnaturels. Une très vieille rivalité déchire leur famille et l'héritage de Kekkaishi est en jeu. Les héritiers doivent protéger le château des seigneurs Karasumori. Yoshimori est perturbé par le retour à la maison de son grand frère qui lui reproche son manque de sérieux.