Dans un Japon médiéval, théâtre de guerres incessantes entre clans rivaux... Le plus puissant d'entre eux est commandé par Akuma. Pour écraser l'Empereur, il engage les Soeurs de l'Ombre, des héroïnes, dans la pure lignée japonaise : invincibles, mais dont le coeur est aussi tourmenté que leur sabre est froid et implacable. Mais, un obstacle inattendu se dresse devant eux : une fillette de 8 ans, apparemment inoffensive...

Le récit se déroule 16 ans avant que Takeo ne soit confronté aux Soeurs de l'Ombre. Akuma découvre par hasard la nécropole où se trouve le caveau du XIIIe prophète. Celui-ci lui promet la vie éternelle s'il trouve l'Elu et le lui offre en sacrifice. Mais pour réussir sa quête Akuma a besoin des Soeurs de l'Ombre. Pour cela, il doit déjà les trouver et surtout les convaincre de l'aider.