La mise en place des primes à la performance a de nombreux effets pervers déjà répertoriés dans le secteur privé. Cet article se concentre sur trois principaux effets des rémunérations variables dans les services publics : un effet dit multitâches, de dégradation des tâches qualitatives ou faiblement mesurables, un effet multi-usagers qui se traduit par une augmentation des inégalités d'accès et de traitement des usagers, et un effet d'éviction de la motivation des fonctionnaires.

En juillet 2009 est votée une loi dite « Hôpital, patients, santé, territoires », qui réforme à la fois la « gouvernance » de l'hôpital et son environnement institutionnel. La première consacre et renforce les pouvoirs des chefs d'établissement ; la seconde crée des agences régionales de santé, fusionnant, au niveau régional, les administrations déconcentrées de l'Etat et des services de l'Assurance maladie.