Daniel, 15 ans, ne s'est jamais remis de la mort dramatique de sa mère dix ans auparavant à Tokyo. Son père océanologue l'emmène avec lui sur la côte, mais ils ne se parlent plus. Dans une fête foraine, Daniel rencontre un personnage étrange, qui dit s'appeler Godzilla. Il le suit dans le train fantôme, mais à la sortie, Daniel est seul et les gratte-ciel de Tokyo se dressent au loin.