Depuis des siècles, des créatures fantastiques se cachent dans un refuge secret, Fablehaven, pour échapper à l'extinction qui les menace. Kendra et Seth, dont leur grand-père est le gardien de Fablehaven, apprennent que le sanctuaire est menacé par l'avènement de puissances maléfiques. Ainsi commence le combat de deux enfants contre le mal pour sauver Fablehaven, leur famille... et leur vie.