Violent et révolté, le jeune James vit en Angleterre avec sa mère, dépressive et délinquante. Lorsqu'elle décède d'un excès de barbituriques, James est placé dans un orphelinat avant d'être recruté par la très secrète agence de renseignements gouvernementale Cherub. Pour sa première mission, il doit infiltrer une secte de hippies préparant un attentat.