Dans Les Fleurs bleues, deux histoires parallèles s'entrelacent : celle, mouvementée, du duc d'Auge, qui débute en 1264 et grâce à des bonds de 175 ans s'achève en 1964, et celle de Cidrolin qui, pendant cette même année 1964, vit paisiblement sur sa péniche à Paris. L'un est-il le rêve de l'autre ?