Alors que le cyberespace est devenu un sujet incontournable des agendas diplomatiques internationaux, il existe peu d'études dédiées à l'analyse de l'adaptation des organisations internationales, et plus particulièrement européennes, à ce phénomène. Cet article propose ainsi une étude comparée des transformations bureaucratiques, institutionnelles et politiques de l'Otan et de l'Union européenne relatives à l'intégration des enjeux de cybersécurité et de cyberdéfense dans leurs missions. Le constat est mitigé, et si les deux institutions ont mis en place les moyens techniques et institutionnels nécessaires pour protéger leurs infrastructures et leurs réseaux, la coopération politique intergouvernementale se heurte au principe de souveraineté, limitant de facto la portée des actions de l'Otan comme de l'UE dans le domaine militaire.