Formé à l'ULB, élève d'Albert Brachet, Ernest Van Campenhout a fréquenté successivement l'Université libre de Bruxelles, l'Université de Yale et celle de Montréal, pour se fixer définitivement à l'Université catholique de Louvain, où il devient professeur d'anatomie, d'histologie et d'embryologie.