Darwin, au milieu du XIXe siècle, et la génétique moléculaire, à partir des années 1950, ont posé les fondements de la phylogénie moderne. Son but ? Définir la place de chaque espèce au sein de l'″arbre du vivant″. Mais la découverte, ces vingt dernières années, de nombreux événements de transfert d'ADN entre espèces bouleverse cette classification. La définition même de la notion d'espèce est désormais reconsidérée.