Les rescapés du vaisseau NCC-1701 sont bloqués depuis plus de 64 ans. Bientôt la Terre, Mars, Mercure, Jupiter, Pluton et le Soleil vont être alignés, permettant un retour dans le futur grâce à une fenêtre temporelle. Mais les héros ne sont plus en possession de toutes les sphères d'énergie qu'il faut réunir pour enclencher le processus...