Le rôle clef du microbiote intestinal sur la santé et son lien avec l'alimentation est maintenant démontré. On sait que ses besoins sont spécifiques : les fibres et certains acides gras à longue chaîne (oméga -3) ont un effet favorable sur sa diversité et son fonctionnement, mais leur déficit, de même que certains résidus de pesticides, émulsifiants et édulcorants, entraînent une dysbiose intestinale. Or au cours des cinquante dernières années, les changements dans l'alimentation des animaux d'élevage, dans la protection des cultures (pesticides), de même que l'offre croissante en produits prêts à consommer et l'évolution induite dans les préférences des consommateurs, ont été sources de perturbations du microbiote. A tel point que 90 pour cent des Français manquent d'Omégas 3 et que les produits ultra-transformés représentent 35 % des calories consommées. Une santé reposant sur un microbiote sain nécessite un changement de paradigme dans la façon de se nourrir. Pour cela il faut agir à tous les maillons du système alimentaire, par une révision de certaines pratiques agricoles et de l'industrie agroalimentaire afin d'améliorer l'offre en produits de qualité, mais aussi par un vaste effort d'éducation et de formation pour aider aux choix des aliments et à la composition des menus.