Au XIIème siècle en Andalousie, le philosophe Averroès premier conseiller du calife, est reconnu pour sa sagesse, sa tolérance et son équité. Mais il doit faire face à des adversaires qui utilisent l'Islam dans leur quête de pouvoir absolu. Ces derniers, à la tête d'une secte fondamentaliste, parviennent à enrôler l'un des deux fils du calife. Leur emprise s'afferissant, ils obtiennent la destitution d'Averroès et la condamnation par "fatwa" à l'autodaffé de son oeuvre...