Différentes espèces de chauves-souris ont transmis à l'homme les virus de maladies émergentes telles que le récent syndrome respiratoire du Moyen-Orient. Certains spécialistes pensent que c'est seulement parce que ces animaux sont très nombreux, et que l'homme empiète sur leurs habitats naturels. D'autres recherchent des particularités de leur système immunitaire, qui les rendraient plus tolérantes aux virus, et leur permettraient ainsi de les héberger à long terme.