Le sergent Keroro, une grenouille verte extraterrestre, constitue l'avant-garde de l'invasion de la Terre par son peuple. Il doit d'abord convaincre la famille Hinata , qui l'a recueilli, du sérieux de cette invasion et ce n'est pas gagné. De leur côté, les frère et soeur Fuyuki et Natsumi Hinata ont beaucoup de mal à éviter les catastrophes provoquées par Keroro.