Après le Second Impact, catastrophe qui a ravagé la surface de la Terre quinze ans auparavant, le monde renaît de ses cendres. Au Japon, les survivants se sont regroupés à Tokyo 3, la ville forteresse. Shinji vit avec ses parents et partage son temps libre avec Asuka, son amie d'enfance dont il est secrètement amoureux. Mais tout bascule à l'arrivée de Rei Ayanami.