Après avoir détruit une partie de Kingdom Hearts avec l'aide d'Ansem le Sage, Riku et le roi Mickey parviennent enfin à rejoindre Sora et ses amis ! Bien décidés à en finir, ils vont devoir affronter le chef de l'Organisation XIII dans un ultime affrontement… Parviendront-ils à vaincre Xemnas et à détruire Kingdom Hearts ? Réussiront-ils à rejoindre tous ensemble l'Île du Destin ?