Après la découverte d'un "traitement" - très controversé - les mutants peuvent désormais choisir entre conserver leurs pouvoirs surhumains ou renoncer à leur talent unique et devenir des humains ordinaires. Lorsque, sur cette question, Charles Xavier, chef pacifique des x-men, et Magneto, son homologue chez les rebelles, s'affrontent, les lignes de combats sont tracées pour la plus acharnée des batailles.