La question de la propriété intellectuelle est l'un des enjeux centraux des marchés portant sur l'acquisition ou la maintenance d'un logiciel. La rédaction des clauses de cession doit être précise et indiquer qu'il s'agit d'une cession totale ou partielle des droits, et ajouter la durée et le territoire concernés. Il faut bien identifier quelles "connaissances antérieures" sont intégrées aux résultats ou nécessaires à l'utilisation des résultats.