Après un siècle de silence, les Klingons refont surface. Déterminés à réunifier leur empire, ils déclarent la guerre à la Fédération des Planètes Unies. Officier en disgrâce de Starfleet, Michael Burnham se retrouve au centre du conflit.

Après avoir répondu à un signal de détresse émis par l'U.S.S. Enterprise, l'équipage de l'U.S.S. Discovery se joint au capitaine Christopher Pike pour une nouvelle mission d'enquête sur de mystérieux signaux rouges ainsi que sur l'apparition d'une entité surnommée l'Ange Rouge. Alors que tous doivent travailler ensemble pour comprendre le sens et l'origine de ces signaux, Michael Burnham fait face à son passé avec le retour de son frère Spock...

Peu après la fin de la poursuite de l'Ange Rouge, Burnham se retrouve projetée dans le futur, 930 ans après la bataille contre Contrôle, l'ordinateur omnipotent de Starfleet qui a failli anéantir toute vie dans l'univers. Mais arrivée sur place, elle apprend que la Fédération des planètes unies s'est effondré à la suite du Grand Brasier : un désastre d'ampleur galactique survenu 120 ans auparavant, qui a détruit la grande majorité des vaisseaux spatiaux - y compris ceux de Starfleet - en faisant sauter le dilitium qui leur sert de carburant. Avec l'arrivée du Discovery, elle se met en quête de ce qui reste de la Fédération et de Starfleet , et tout aussi important, de l'origine du Grand Brasier...

Cinq mois après avoir résolu le mystère du Brasier - désastre qui avait provoqué son effondrement 120 ans auparavant - et vaincu la Chaîne d'Émeraude - la superpuissance criminelle dirigée par la Ministre Osyraa née des suites du Brasier -, la Fédération des planètes unies s'est tournée vers l'avenir et a entamé sa reconstruction sous l'égide de la Présidente Laira Rillak. Mais une mission de sauvetage découvre une inexplicable anomalie gravitationnelle qui se révèle être une menace existentielle pour la Fédération quand elle s'amplifie au point d'anéantir toute une planète et sa population entière...