Deux organisations secrètes rivales, qui, il y a plusieurs siècles, se livrèrent une bataille sans merci, sont désormais contraintes d'unir leurs forces. D'un côté, la Checquy, chargée de protéger la couronne des forces surnaturelles qui la menacent et dont les membres eux-mêmes détiennent des pouvoirs hors du commun. De l'autre, les Greffeurs, mystérieuse société d'alchimistes belges adeptes des manipulations génétiques contre-nature. Quand les Greffeurs envoient à Londres une délégation chargée de conclure cette paix nécessaire, une seule personne semble en mesure de les aider à surmonter leurs différends : Myfanwy Thomas, la très fantasque héroïne de The Rook. Elle ne sera pas de trop, car les mystérieux Antagonistes tentent par tous les moyens de faire échouer leurs négociations.

Victime d'une agression, Myfanwy Thomas reprend conscience dans un parc de Londres, le visage en compote. Autour d'elle, des cadavres d'hommes portant costumes et gants en latex. Pire, elle ne se souvient de rien. Et elle semble avoir prévu cette amnésie car dans sa poche, elle trouve une lettre qu'elle s'est elle-même écrite, lui expliquant quoi faire pour découvrir celui ou celle qui cherche à la tuer. C'est ainsi qu'elle rejoint le siège de la Checquy, organisation ultra secrète chargée de protéger le royaume britannique et la Couronne des forces surnaturelles. Sans comprendre très bien ce qu'elle fait là, Myfanwy va devoir trouver son chemin au sein de cet MI5 très particulier où apparemment elle occupe un poste de responsabilité. Elle devra aussi, malgré sa mémoire défaillante, lever le voile sur une conspiration aux proportions inimaginables...