Accompagnée de son ami Goro, de Fumio et de Shifu, Hana Attori est entrée en guerre clandestine contre le redoutable seigneur Oda Nobunaga. Alors que l'équipe prépare sa stratégie, les samouraïs de Nobunaga accueillent d'importants émissaires portugais venus leur prêter main-forte.

Venus avertir les singes des montagnes d'un danger imminent, Hana, Goro, Shifu, Fumio et leur nouvelle alliée Chokki prennent part à un conflit engagé contre les sbires du seigneur Oda. Mais cette fois-ci la tâche est trop ardue, ces lieutenants venus raser la forêt sont aidés d'une arme de taille : le géant mécanique du professeur Rikigaku.

A la fin du XVIe siècle au Japon, le village d'Iga résiste seul aux troupes du seigneur Oda Nobunaga. Pour venger le meurtre de sa soeur et de leur père, Hana Attori, apprentie ninja, quitte Iga pour affronter les hommes d'Oda, en compagnie de son ami Goro, du vieil artificier Fumo et du sorcier poltron Shifu.