Le Letz Batallion et la fondation Hellsing sont en plein affrontement mais les choses sérieuses ne débutent qu'avec l'arrivée d'Alucard et Victoria, assoiffée de vengeance. Soudain, au coeur de l'ouragan nazi qui ravage Londres, deux adversaires que tout oppose vont bientôt se retrouver pour mettre un point final à ce combat qui dure depuis déjà trop longtemps.

En Angleterre, l'organisation secrète Hellsing agit pour protéger le pays des forces du mal, notamment des vampires. Force de frappe de l'Eglise protestante, ce groupe dispose d'une arme secrète : Alucard, vampire surpuissant et apparemment invulnérable. Mais leur mission se corse quand ils doivent faire face au Vatican et à ses brigades anti-monstres.

Londres est en ruines. Les flammes rongent la capitale britannique tandis que les vampires infiltrent la moindre ruelle, exterminant les humains qui croisent leur chemin. Alucard, coincé en haute mer, ne peut qu'attendre patiemment que son embarcation arrive en vue de son pays pour intervenir. La résistance s'organise grâce au courage et aux capacités hors normes de Victoria ou Walter.

L'offensive générale des troupes de Millenium atteint son paroxysme. Le père Anderson est terrassé par Alucard mais un nouvel adversaire fait son apparition : Walter C. Dorneaz, l'homme de confiance d'Integra.