Son pacte finalement conclu avec Ultimo,Yamato est résolu à se battre en tant que champion des soldats du Bien. Il ne pensait pas que cette décision l'obligerait à affronter son ami de toujours. Un à un, Dôji du Bien et Dôji du Mal sortent de l'ombre et se rassemblent. Le choc fatidique des cent machines est sur le point de s'accomplir sous les yeux de son instigateur, Dunstan.

Le politicien offrant cent millions à Yamato en échange d'Ultimo n'est autre que Tomomitsu Iruma, le maître de Jealous, un dôji du mal. Quel est donc cet étrange club des dôji du bien dont lui parle le mystérieux barbu qui lui est venu en aide ? Yamato et Ultimo semblent voués à prendre part à la bataille qui s'annonce.

Entre les filles et les problèmes d'argent, la vie est rude pour les lycéens au Tokyo Ouest, mais pour Yamato les choses semblent sur le point de changer le jour où il découvre dans une vieille échoppe, Ultimo, une sorte de marionnette étrange. En réalité, Ultimo fait partie des Karakuri Dôji, des armures mécaniques pourvues d'émotions et de sentiments humaines...