Les exactions des extrémistes religieux et des séparatistes régionalistes posent une question cruciale pour l'avenir de l'Indonésie : une nation aussi étendue et morcelée pourra-t-elle maintenir longtemps sa cohésion politique.

Si le président Susilo Bambang Yudhoyono a été réélu avec brio en juin 2009, tournant définitivement la page de la dictature, son traitement des minorités demeure marqué par les anciennes pratiques, singulièrement en Papouasie (ou Nouvelle-Guinée occidentale) : division des populations, morcellement du territoire, pillage...