L'amélioration de l'hygiène favorise les maladies auto-immunes. Le système immunitaire, censé défendre l'organisme parfois contre son hôte : on parle alors de maladies auto-immunes. On supposait jusqu'à présent que des infections puissent être responsables de leur déclenchement.

Les attaques mal ciblées de l'organisme contre lui-même provoquent de nombreuses maladies chroniques comme la sclérose en plaques ou le diabète insulino-dépendant. Les progrès de l'immunologie font apparaître des traitements prometteurs.

Parfois, les traités de non-agression scellés entre le système immunitaire et l'organisme qui l'abrite sont rompus : des maladies auto-immunes apparaissent...