Prix de l'Union internationale de la lutte contre la tuberculose, de l'Association internationale des médecins contre le sida, de la Fondation Christophe et Rodolphe Mérieux, ou encore prix Gates et, premier du genre, ″Life Achievement Award″ de l'université Cornell. Jean-William Pape a reçu en 2010 pas moins de huit prix internationaux pour ses travaux au service de la lutte contre les maladies infectieuses et particulièrement le sida. Ce qui a fait dire au quotidien haïtien ″Le Nouvelliste″ qu'″aucun Haïtien n'est plus près d'un prix Nobel que lui″.