Importantes controverses autour de l'élevage intensif de saumon en Norvège, pays qui produit chaque année 1,2 million de tonnes, soit 53% de l'offre mondiale, pour répondre à une forte demande sur un marché très rentable. Une filière qui a aussi sa part d'ombre, comme : la présence de parasites, antibiotiques et de substances toxiques dans la chair des saumons ; les impacts écologiques de ces élevages industriels ; l'impact de la pêche minotière (réalisée pour nourrir les poissons d'élevage) sur la biodiversité des océans.

S'il demeure une excellente source d'oméga 3, ce poisson accumule aussi des métaux lourds et des polluants. Des labels de qualité permettent d'identifier les spécimens les plus sains.

Selon un chercheur américain, soixante ans ont suffi pour que les saumons du lac Washington se scindent en deux populations distinctes.

Depuis les années 80, le développement des organismes aquatiques génétiquement modifiés connaît une expansion rapide.