Le président Joao Bernardo Vieira a été assassiné le 2 mars 2009, quelques heures après un attentat ayant coûté la vie au chef d'état-major, le général Tagmé Na Waié. Les deux hommes ne s'appréciaient guère, mais la cause de leur mort demeure mystérieuse

Le putsch manqué du 26 décembre 2011 et la mort du président Sanha, le 9 janvier 2012, ouvrent un boulevard au Premier ministre, Carlos Gomes Junior, et à son allié, le chef d'état-major Antonio Indjai.

L'ancien chef du gouvernement, Carlos Gomes Junior, est arrivé en tête du premier tour de la présidentielle du 18 mars 2012.